Tradycyjny podpis nie daje już takiej gwarancji i jest obecnie znacznie mniej bezpieczny niż kwalifikowany podpis elektroniczny. Dziś każdy wniosek składany do organów administracyjnych musi być podpisany za pomocą tego rodzaju podpisu. Wiele spraw można jednak załatwić przez internet, korzystając z profilu zaufanego lub kwalifikowanego podpisu elektronicznego.
Kwalifikowany podpis to podpis elektroniczny, który ma taką samą moc prawną jak podpis własnoręczny. Do 6 października 2016 zwrot „kwalifikowany podpis” stanowił skrót od: bezpieczny podpis elektroniczny weryfikowany kwalifikowanym certyfikatem, czyli podpis elektroniczny spełniający warunki określone w ustawie o podpisie elektronicznym. Obecnie jest to zaawansowany podpis elektroniczny, który jest składany za pomocą urządzenia do składania podpisu elektronicznego.
Kwalifikowany podpis elektroniczny jest poświadczony specjalnym certyfikatem kwalifikowanym, umożliwiającym weryfikację danych osoby składającej podpis. Tylko osoba, do której przyporządkowany jest określony podpis oraz certyfikat, może się nim posługiwać. Kwalifikowany podpis elektroniczny powoduje skutki prawne podpisu ręcznego. W przeciwieństwie do podpisu weryfikowanego certyfikatem niekwalifikowanym, w tym przypadku nie jest konieczne zawieranie żadnych dodatkowych umów między stronami podpisywanego dokumentu.
W przeciwieństwie do Profilu Zaufanego, podpis kwalifikowany pozwala na załatwianie spraw urzędowych online, ale także upoważnia m.in. do zawierania umów na odległość, czy brania udziału w aukcjach elektronicznych na platformach przetargowych.
Profil Zaufany z kolei to podpis potwierdzający tożsamość (przypisanym do konkretnego numeru PESEL) w kontaktach on-line z urzędami.
Kwalifikowany podpis elektroniczny to narzędzie komercyjne, które można zakupić u certyfikowanych dostawców, m.in. KIR. Pełna lista dostawców takich produktów widnieje na stronie Narodowego Centrum Certyfikacji (NCCert). Koszt zakupu kwalifikowanego podpisu elektronicznego zależy w głównej mierze od podmiotu oferującego takie narzędzie. Przede wszystkim cena zależy od długości ważności certyfikatu (rok lub dwa lata) oraz rodzaju urządzenia do składania podpisu elektronicznego (czytnik kart USB, token USB lub PCMCIA).
Wymogi prawne odnośnie kwalifikowanego podpisu elektronicznego dostępne są w tzw. Rozporządzeniu eIDAS w sprawie identyfikacji elektronicznej i usług zaufania w odniesieniu do transakcji elektronicznych na rynku wewnętrznym oraz uchylające dyrektywę 1999/93/WE, a także ustawy o usługach zaufania oraz identyfikacji elektronicznej (Dz.U. 2016 poz. 1579) z 5 września 2016 r.